迈维课堂代谢组学常见问答升级版

实验汪

代谢虎

道在日新，艺亦须日新，新者生机也。——徐悲鸿?

实验汪

??现有方法检测代谢物含量的最低值是多少？

最低值严谨说法应该以信号强度为指标，传统方法最低值是到十万。如果最终要以浓度为指标，不同的代谢物不一样，低的到p克级。

代谢虎

实验汪

LC-MS联用，跟GC-MS差异在哪？

整体来说，GC能测的物质，大部分LC都能测，LC能测的GC很多都不能测；由于LC技术较GC有灵敏度高、分辨率高的固有优点，各仪器公司更注重LC技术的开发，LC的技术进步也越来越快；

GC的优势在于不同人在不同的机器上操作，重复性好，所以建了库全世界都能用，所以代谢技术只是追求稳定的团队都会首选GC，但是对于生命科学研究中的代谢物，尤其植物中的代谢物研究，大部分代谢物GC并不能测，所以代谢组学想要测更全代谢物首选LC。

另外LC比GC系统通常要贵，加上LC的操作要求更高，对数据库要求更高。

代谢虎

实验汪

??植物激素目前可以检测到哪几类？含量分布如何？

植物激素几大类里面，IAA,ABA,JA,SA这四类一般含量都比较高（一般含量在1ng/g鲜重以上），是最好测的，CKs含量低（大概0.01-1ng/g），但是物质本身液质检测灵敏度比较高，所以是第二好测的，赤霉素GAs含量低（大概0.01-1ng/g），本身灵敏度差，所以难测，油菜素内酯含量也低（大概0.01-1ng/g），物质本身灵敏度更差，更难测，独脚金内酯现在做的人还不多，含量低，本身灵敏度又差，所以难测。以上这些含量都是指正常培养的野生型水稻幼苗里面的，突变体或者胁迫培养的或者其他植物其他组织的要看具体情况。??

代谢虎

实验汪

?一般说“物质本身灵敏度就很差，不容易检测”是什么意思？

难测一个是因为含量低，还有一个原因是物质本身灵敏度就很差：比如A和B两个物质，同样拿1nmol的量用LC-MS分析，它们的信号响应值差异可能会很大，这就是物质本身灵敏度不同造成的，物质的检测灵敏度跟自身的化学性质有关，化学性质对物质检测灵敏度的影响主要表现在离子化效率和质谱碎裂行为两方面。

代谢虎

实验汪

代谢组检测灵敏度?给予值是什么??？

?物质检测的最低限度问题，跟仪器有关系，设置为一个最低值，不是文献报道而是QTrap质谱分析中是进行数据处理的一个约定俗成的办法，不影响数据的差异。我们迈维代谢一般会根据我们使用仪器的限度和响应情况，给予了一个较为合适的值，不宜太高和太低。另外，从生物学意义来讲，有几倍几十倍的差异，就已足够，是比较大的差异。

代谢虎

实验汪

???差异代谢物计算方法有哪些？

?????代谢组学业内公认的数据分析方法是使用多变量统计分析。我们迈维代谢采用的方法就是多变量统计中最精确的分析方法，并经过了严格的模型验证，才通过得到的VIP值（VIP1）来筛选差异代谢物。均值之比只是在VIP1的基础上进一步严格筛选。所以说，我们并不只是用均值来衡量表达量。这种方法更加严格，且是公认的。

代谢虎

结束语

上次大家反响都很踊跃呢，看来大家平时对课题思考都挺深入的。有更多的问题可发送至邮箱：support

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